Le CNR IST bactériennes s’engage à assurer les missions définies par le décret no 2016-806 du 16 juin 2016 relatif aux centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles. Ce CNR oriente en priorité ses activités sur les infections à Chlamydia trachomatis, les infections à gonocoque, la syphilis et les infections urogénitales à mycoplasmes. Ses missions sont les suivantes :

1. Expertise

• Contribuer au développement, à l'évaluation et au contrôle qualité des nouvelles techniques diagnostiques, notamment les techniques génétiques multiplexées et les tests de diagnostic rapide (TROD) combinant le diagnostic de plusieurs IST ;
• Assurer une veille scientifique sur l’évolution des techniques de diagnostic et de dépistage des IST ;
• Maintenir une expertise sur les tests sérologiques et leur interprétation, notamment en expertisant les résultats de sérologie syphilitique ;
• Contribuer au développement, à l'évaluation et au contrôle qualité des nouvelles techniques d’évaluation de la sensibilité du gonocoque aux anti-infectieux ;
• Contribuer à l’évaluation de la sensibilité des souches de Chlamydia trachomatis aux antibiotiques par des études de la sensibilité au niveau national en s’appuyant sur les réseaux existants ;
• Participer à l’actualisation des recommandations concernant les méthodes de diagnostic ;
• Réaliser les typages afin de déterminer le sérotype des souches de Chlamydia trachomatis circulant en France, notamment les sérotypes responsables de lymphogranulomatose vénérienne ;
• Développer des techniques discriminantes de typage des souches permettant notamment : 
• De comparer la distribution des types des souches isolées en France avec celle des souches isolées dans d’autres pas
• D’identifier les cas groupés d’IST;
• Détecter de nouveaux phénotypes de résistance et en contribuant à l’identification des mécanismes de résistance. 

2. Conseil 

3. Contribution à la surveillance épidémiologique, en lien avec l’agence nationale de santé publique 

• Coordonner avec l’agence nationale de santé publique le réseau de surveillance des anorectites à Chlamydia trachomatis et en veillant à la représentativité nationale de ce réseau de surveillance ;
• Assurer une surveillance de la sensibilité des gonocoques aux anti-infectieux au niveau national en s’appuyant sur les réseaux existants et en veillant à la représentativité nationale du réseau des laboratoires correspondants ;
• Collaborer le cas échéant à la surveillance de la syphilis congénitale ;
• Collaborer aux études épidémiologiques ;
• Participer aux systèmes de surveillance européens. 

4. Contribution à l'alerte 

• Signaler à l’agence nationale de santé publique tout événement inhabituel : émergence de cas dans une sous-population ; modifications des formes cliniques ; augmentation du nombre de cas ; émergence d’une souche échappant aux techniques diagnostiques habituelles ; etc.
• Participer à l’investigation de cas groupés d’IST.