Le CNR IST bactériennes s’engage à assurer les missions définies par l'arrêté du 2 mars 2022 fixant le cahier des charges des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles. Ce CNR oriente en priorité ses activités sur les infections à Chlamydia trachomatis, les infections à gonocoque, la syphilis et les infections urogénitales à mycoplasmes. Ses missions sont les suivantes :
1. Expertise
- Identification et caractérisation des souches adressées par les laboratoires d’analyse et de biologie médicale
Identification ou confirmation en tant que de besoin d’espèces courantes pour lesquelles les techniques d’identification ne sont pas disponibles. Les CNR effectuent cette identification tant que cette technique n’est pas diffusée aux laboratoires, notamment ceux désignés par les Agences régionales de santé (ARS). Les identifications de souches courantes et les diagnostics sérologiques qui constituent des activités habituelles de diagnostic des laboratoires d’analyse de biologie médicale ne sont confiés aux CNR que de façon exceptionnelle et, dans ce cas, donnent lieu à facturation ;
Caractérisation génotypique et/ou phénotypique des souches des agents pathogènes dont ils ont la charge, en propre ou de manière collaborative dans le cadre d’une approche en réseau. L’expertise des CNR peut être sollicitée en urgence par les autorités sanitaires.
- Contribuer au développement, à l'évaluation et au contrôle qualité des nouvelles techniques diagnostiques, notamment les techniques génétiques multiplexées et les tests de diagnostic rapide (TROD) combinant le diagnostic de plusieurs IST ;
- Assurer une veille scientifique sur l’évolution des techniques de diagnostic et de dépistage des IST ;
- Maintenir une expertise sur les tests sérologiques et leur interprétation, notamment en expertisant les résultats de sérologie syphilitique ;
- Contribuer au développement, à l'évaluation et au contrôle qualité des nouvelles techniques d’évaluation de la sensibilité du gonocoque aux anti-infectieux ;
- Contribuer à l’évaluation de la sensibilité des souches de Chlamydia trachomatis aux antibiotiques par des études de la sensibilité au niveau national en s’appuyant sur les réseaux existants ;
- Participer à l’actualisation des recommandations concernant les méthodes de diagnostic ;
- Réaliser les typages afin de déterminer le sérotype des souches de Chlamydia trachomatis circulant en France, notamment les sérotypes responsables de lymphogranulomatose vénérienne ;
- Développer des techniques discriminantes de typage des souches permettant notamment :
- De comparer la distribution des types des souches isolées en France avec celle des souches isolées dans d’autres pas
- D’identifier les cas groupés d’IST;
- Détecter de nouveaux phénotypes de résistance et en contribuant à l’identification des mécanismes de résistance.
2. Conseil
- aux professionnels de santé ;
- auprès du ministère chargé de la santé, des agences régionales de santé, de l'Agence nationale de santé publique, des autres agences de sécurité sanitaire, de la Haute Autorité de santé (HAS), du Haut Conseil pour la santé publique (HCSP) ;
- participation à l'élaboration de mesures de prévention et de contrôle des maladies infectieuses ;
- réponse aux demandes d'expertise ou à des enquêtes.
3. Contribution à la surveillance épidémiologique, en lien avec l’agence nationale de santé publique
Les CNR réalisent les analyses nécessaires à la surveillance des agents pathogènes dont ils ont la charge, notamment la caractérisation de souches. Ils animent également un réseau de laboratoires correspondants qui réalisent certaines de ces analyses, et en centralisent les résultats.
Les CNR qui participent à la surveillance d'une infection doivent, au minimum, contribuer à renseigner les données pertinentes sociodémographiques, épidémiologiques (ex : exposition, notion de cas groupés, origine associée aux soins, résistance aux anti-infectieux…) et de prise en charge, en coordination avec l'Agence nationale de santé publique.
- Coordonner avec l’agence nationale de santé publique le réseau de surveillance des anorectites à Chlamydia trachomatis et en veillant à la représentativité nationale de ce réseau de surveillance ;
- Assurer une surveillance de la sensibilité des gonocoques aux anti-infectieux au niveau national en s’appuyant sur les réseaux existants et en veillant à la représentativité nationale du réseau des laboratoires correspondants ;
- Collaborer le cas échéant à la surveillance de la syphilis congénitale ;
- Collaborer aux études épidémiologiques ;
- Participer aux systèmes de surveillance européens.
4. Contribution à l'alerte
- Signalement sans délai de tout phénomène pouvant engendrer un risque pour la santé publique à l'Agence nationale de santé publique, à la direction générale de la santé (DGS) et, le cas échéant, aux ARS concernées, notamment :
- augmentation de la fréquence d'isolement d'un agent pathogène, ou signalement de cas groupés d'une maladie ;
- identification d'un agent pathogène nouveau, rare ou émergent ou d'une variation ou mutation d'un agent pathogène connu pouvant lui conférer un avantage sélectif ;
- apparition de nouvelles formes cliniques ou de pathologies dans de nouvelles populations ;
- informations concernant des événements de même nature dans des pays étrangers.
- Participer à l’investigation de cas groupés d’IST.
