Les activités des CNR contribuant à la Santé Publique sont financées par Santé publique France et par les dotations MERRI/MIGAC.
> Les expertises qui sont demandées aux CNR sont réalisées à titre gracieux lorsque les prélèvements ou les souches d’origine humaine leur parviennent dans les conditions requises et accompagnées des renseignements cliniques mentionnés sur la fiche CNR.
> L'arrêté du 29 novembre 2004, définissant les missions des CNR, mentionne que les examens et "les diagnostics sérologiques qui constituent les activités habituelles de diagnostic des Laboratoires de Biologie Médicale ne devraient être confiées aux CNR que de façon exceptionnelle et dans ce cas pourraient donner lieu à facturation". Cela signifie que les CNR n’ont, en aucun cas, à se substituer aux laboratoires d’analyses de biologie médicale pour exécuter, gratuitement ou pas, des examens relevant de leurs compétences, ni pour répondre à des contrôles de qualité.